È forse la chiesa più antica esistente all'interno delle mura leonine. Di sicuro è il solo edificio superstite dei tanti santuari, monasteri e ospizi che nel medioevo circondavano la basilica di San Pietro. Santo Stefano degli Abissini, sottoposta ad accurati lavori di restauro negli ultimi anni, viene oggi utilizzata soprattutto per matrimoni di pellegrini e celebrazioni di particolare significato per il clero che presta servizio in Vaticano. Affidata alla Fabbrica di San Pietro, che ne ha curato il rifacimento, Santo Stefano maggiore, detta degli Abissini, si trova lungo la via delle Fondamenta, dietro l'abside del principale tempio della cristianità.
Edificata da Leone Magno (440-461), risistemata sotto il pontificato di Adriano I (772-795), avrebbe ricevuto donazioni dal Papa Pasquale I (817-824). La porta d'ingresso del tempio appartiene alla chiesa antica e risale alla metà del secolo XII, come si evince dagli stipiti e dai fregi in marmo che la circondano, sui quali è scolpito l'agnello pasquale. Scendendo alcuni gradini si entra all'interno dell'edificio di culto, che si presenta a una sola navata. Lungo le moderne pareti perimetrali sono messe in evidenza alcune colonne con capitelli - prima nascoste nelle murature settecentesche - che dovevano supportare un'architrave.
Sull'altare maggiore un quadro di autore incerto rappresenta il protomartire lapidato. Su quello di destra un dipinto di Biagio Puccini raffigura san Silverio Papa. Questo altare era stato eretto nella prima metà del 1700 da don Silverio Campana, beneficiato di San Pietro, familiare del Pontefice Clemente XI che lo nominò rettore. Le altre pitture presenti sono di artisti ignoti del XVII secolo.
Dietro la chiesa attuale, ridotta nelle dimensioni rispetto a quella originaria, vi è ancora l'abside del tempio preesistente, assai più vasto e grandioso, che giustifica la ragione del titolo "maggiore" assegnatole. Con l'abside rimangono ancora il presbiterio e l'arco maggiore, sostenuto da due grandi colonne marmoree. In particolare nell'area presbiteriale - il cui assetto interno è stato interamente ricostruito, sia pure utilizzando frammenti antichi - è stata rinvenuta una cripta semianulare, nella cui parete si aprono tre nicchie per lampade, sormontate da un'architrave marmorea. La prima di queste a destra mostra un'iscrizione mutila che rimanda ai tempi di Papa Leone IV: "Temp[ore] domn Leoni qv[arti]".
Tramite una scala, che si trova nella campata residua della navatella destra presso il transetto, si accede ai sotterranei. E qui una scoperta inaspettata: nel vasto ambiente rinvenuto sotto la navata laterale sud di sinistra si scorgono infatti le tracce delle fondazioni di un campanile oggi non più visibile. La sua presenza è comunque testimoniata da un dipinto di Van Cleve del 1589, da un'incisione del Tempesta del 1593 e da quella seicentesca di De Paoli.
Nei secoli successivi le notizie si fanno più rare. Secondo alcune fonti dal pontificato di Sergio II (844-847) il monastero, insieme con gli altri della zona, venne ceduto al Capitolo vaticano. Più tardi divenne sede dell'ospizio degli Abissini, probabilmente ai tempi di Eugenio IV o di Sisto IV: sembra che nel 1481 Papa Sisto, in occasione della permanenza a Roma di una delegazione di abissini a lui inviata da Gerusalemme, assegnò loro la chiesa dopo averla riparata, facendovi edificare l'annesso ospizio per i monaci pellegrini. Per questo dalla fine del Quattrocento essa venne identificata come Ecclesia fratrum Indianorum o Santo Stefano degli Indiani: così, infatti, erano allora chiamati gli abissini.
Gli ultimi cambiamenti risalgono all'epoca di Clemente XI, che nel 1706, per opera dell'architetto romano Antonio Valeri, ne fece sistemare l'interno, con l'aggiunta della sacrestia e la ricostruzione degli altari. Valeri diede alla chiesa una facciata completamente nuova, distruggendo probabilmente il porticale che nei precedenti secoli ancora appariva davanti all'edificio.
Da questo momento in poi la documentazione sicura abbonda. Ne sono un esempio l'epigrafe apposta sulla facciata, che fornisce la data del 1706, e le iscrizioni dell'anno 1729, incise sugli altari a ricordo della loro consacrazione. Il testo dell'epigrafe recita: Clemens XI p.m. / ecclesiam hanc Leone Magno pont. / cvm monasterio extrvctam / aetiopib. abyssinis concessam / plvries instavratam renovavit / domosq. contigvas et hortvm / fvnditvs restitvit ornavit / a. d. mdccvi.
Del resto Papa Clemente, vedendone il dissesto nelle rendite, aveva ceduto la chiesa in cappellania al suo familiare don Silverio Campana, che ne curò il restauro.
Con la costituzione Alias postquam del 15 gennaio 1731 Clemente xii assegnava la chiesa di Santo Stefano dei Mori coll'annesso ospizio e giardino ai monaci di Sant'Antonio abate: abissini, etiopi, copti o egiziani, la ottennero con l'impegno di celebrare le feste di santo Stefano protomartire il 26 dicembre e di san Silverio Papa il 20 giugno, secondo la disposizione del defunto rettore Campana, in onore del proprio santo patrono.
Alle notizie storiche e documentarie si può aggiungere un elemento grafico offerto dalla planimetria dell'Alfarano, che mostra le costruzioni di Santo Stefano ancora nella loro forma medioevale. La chiesa appare come una piccola basilica a tre navi, facenti capo a un transetto, e preceduta da un portico esterno: è fiancheggiata a destra e a sinistra dagli ambienti incompleti del monastero disposti intorno a due chiostri anch'essi monchi.
L'ultima versione del complesso si deve a Gustavo Giovannoni, che eseguì fra gli anni 1927 e 1928, e poi dal 1931 al 1933, interventi ricostruttivi, con l'intenzione di ripristinare la facies della chiesa monastica altomedievale. Nel 1919 Benedetto XV aveva infatti trasformato il vecchio ospizio degli Abissini in Pontificio Collegio Etiopico e nel 1930 Pio XI rinnovò il nome e i diritti del collegio, comprendente anche la chiesa di Santo Stefano.