Un monaco, liberato dal Purgatorio anche grazie alle preghiere di San Bernardo, apparso ad un confratello del santo, indicando l'altare sul quale in quel momento si stava celebrando la Messa, disse: «Ecco il prezzo della mia liberazione, mi fanno entrare in Paradiso le Messe celebrate per me».
La Messa ha un valore infinito, ma non ha un valore infinito la sua applicazione. Una sola Messa potrebbe aprire le porte del Paradiso a tutte le anime del Purgatorio, ma il frutto del sacrificio eucaristico si divide ordinariamente in tre parti: una parte si riversa nel tesoro della Chiesa (grazie alla comunione dei santi va a vantaggio di tutti i suoi membri), una va a beneficio del sacerdote celebrante, una va a profitto dell'anima in suffragio della quale si celebra la Messa. Tutto, ovviamente, nella misura che Dio determina e conosce.
Che i benefici delle Messe vegano ripartiti e goduti secondo un criterio che solo Dio stabilisce ne ebbe conferma santa Margherita Maria Alacoque: un giorno, mentre stava pregando per il riposo eterno di due potenti personaggi del suo tempo, le venne rivelato che uno di essi, condannato ad un lungo Purgatorio, non avrebbe beneficiato dei suffragi perché le numerosissime Messe celebrate per lui venivano, dalla giustizia di Dio, applicate ai membri di alcune famiglie che il defunto, quando era in vita, aveva danneggiato mancando di carità e di giustizia.
Questo episodio venne raccontato da padre Pio a padre Atanasio da Teano:Una sera, mentre, solo, ero in coro a pregare, sentii il fruscìo di un abito e vidi un giovane frate trafficare all'altare maggiore, come se spolverasse i candelabri e sistemasse i portafiori. Convinto che a riordinare l'altare fosse fra Leone, poiché era l'ora della cena, mi accosto alla balaustra e gli dico: «Fra Leone, vai a cenare, non è tempo di aggiustare e spolverare l'altare». Ma una voce, che non era quella di fra Leone, mi risponde: «Non sono fra Leone». «E chi sei?» - chiedo io. «Sono un vostro confratello che qui feci il noviziato. L'ubbidienza mi dette l'incarico di tenere pulito e ordinato l'altare maggiore durante l'anno di prova. Purtroppo più volte mancai di rispetto a Gesù sacramentato passando davanti all'altare senza riverire il Santissimo conservato nel tabernacolo. Per questa grave mancanza sono ancora in Purgatorio. Ora il Signore, nella sua infinita bontà, mi manda da voi perché sarete voi a stabilire fino a quando dovrò soffrire in quelle fiamme di amore. Mi raccomando...»
Io -(è sempre padre Pio che racconta)- credendo di essere generoso verso quell'anima sofferente, esclamo: vi starai fino a domattina alla Messa conventuale (la Messa della comunità che si celebrava al mattino).
Quell'anima urlò: «Crudele!» Poi cacciò un grido e sparì. Quel grido-lamento mi produsse una ferita al cuore che ho sentito e sentirò per tutta la vita. Io, che per delega divina avrei potuto mandare quell'anima immediatamente in Paradiso, la condannai a rimanere un'altra notte nelle fiamme del Purgatorio.
Quest'altro fatto anche è stato raccontato da padre Pio a più persone diverse. A me lo fece una sera, dopo le funzioni del pomeriggio, nell'agosto del 1964:
Nel corso della prima guerra mondiale molti cappuccini avevano dovuto lasciare i conventi perché richiamati alle armi. Nel convento di San Giovanni Rotondo c'erano soltanto pochi novizi, il superiore padre Paolino da Casacalenda e padre Pio. Anno 1918. Una sera padre Pio stava riposando in una stanza, a pianterreno del convento, adibita a foresteria. Era solo e si era da poco disteso nella branda quando, improvvisamente, ecco comparirgli un uomo avvolto in un nero mantello a ruota (un tipo di mantello in voga nell'ultimo decennio dell'800 e nel primo del '900). Padre Pio, sorpreso, alzandosi, chiese all'uomo chi fosse e cosa volesse. Lo sconosciuto rispose di essere un'anima del Purgatorio. "Sono Pietro Di Mauro. Sono morto, in un incendio, il 18 settembre 1908, in questo convento adibito, dopo l'espropriazione dei beni ecclesiastici, ad un ospizio per vecchi. Morii fra le fiamme, nel mio pagliericcio, sorpreso nel sonno, proprio in questa stanza. Vengo dal Purgatorio: il Signore mi ha concesso di venirvi a chiedere di applicare a me la vostra Santa Messa di domattina. Grazie a questa Messa potrò entrare in Paradiso". Padre Pio gli assicurò che avrebbe applicato a lui la sua Messa, poi... Ma ecco le parole di padre Pio:
«Io, essendo stato sempre un uomo beneducato, volli accompagnarlo alla porta del convento. Mi resi pienamente conto di aver parlato con un defunto soltanto quando, appena usciti nel sagrato, l'uomo, che era al mio fianco, scomparve improvvisamente. Devo confessare che rientrai in convento alquanto spaventato. A padre Paolino da Casacalenda, superiore del convento, al quale non era sfuggita la mia agitazione, chiesi il permesso di celebrare la Santa Messa in suffragio di quell'anima, dopo, naturalmente, avergli spiegato quanto m'era accaduto».
Qualche giorno dopo, padre Paolino, incuriosito, volle fare un controllo. Recatosi all'anagrafe del Comune di San Giovanni Rotondo richiese e ottenne il permesso di consultare i registri dei deceduti nell'anno 1908. Il racconto di padre Pio corrispondeva a verità. Nel registro relativo ai decessi del mese di settembre, padre Paolino rintracciò il nome, il cognome e la causale della morte: «In data 18 settebre 1908, nell'incendio dell'ospizio, è perito Pietro Di Mauro fu Nicola».